Genetic diversity of some local Libyan barley (Hordeum vulgare L.) genotypes using Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) markers
Keywords:
Genetic diversity, RAPD, Barley, (Hordeum vulgare L.)Abstract
The Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) method was used to analyze the genetic material (DNA) of ten local barley (Hordeum vulgare L.) genotypes with five primers for using the Polymerase Chain Reaction (PCR).
The results of the genetic relationships among the studied cultivars indicated that five primers provided twenty seven bands, eleven (40%) were polymorphic. These polymorphic bands were used in the statistical analyses to provide the genetic similarity matrix and dendrograms. Paired comparison analysis was carried out to measure the genetic similarity between the cultivars. The results of the analysis indicated that the values of the genetic similarity ranged from 0.474 between Acsad-176 and Delimi, and 1.000 between Tagermin and Wadi Alhai.
The genetic tree obtained had two branches (groups of cultivars); the first group contained six cultivars and the second contained four cultivars. The genetic tree indicated that Acsad-176 was the most distant genetically from the other cultivars. On the other hand, Tagermin and Wadi Alhai were the most related cultivars genetically. The ten studied barley cultivars seemed to have a great deal in common in their genetic materials as a result of a tightly linked genetic base.
Downloads
References
[1.] البريكي، ف. و ف. أبوعباقة و س. البي و ع. شرف الدين و إ. بن عامر، 2005. تقدير التنوع الوراثي لبعض أصناف وسلالات وطفرات الشعير باستخدام تقنية المادة الوراثية متعددة الشكل المكبرة عشوائياً ( RAPD). المؤتمر الوطني الثالث للتقنيات الحيوية. سبها، ليبيا. الصفحات:49 - 60. الصغير، خ. 1996. محاصيل الحقل . منشورات جامعة الفاتح، طرابلس، ليبيا.
[2.] العاقل، م. ع. 2012. التباين في الشكل الظاهري لبعض الأصول الوراثية للقمح Triticum ssp)) والشعير Hordeum ssp)) في ليبيا. رسالة ماجستير، كلية الدراسات العليا، جامعة النيلين.
[3.] الهديلي، خ. 2007. دراسة العلاقات الوراثية بين سلالات حديثة منتخبة من القمح باستخدام الوصف المظهري والدلائل الجزيئية. رسالة ماجستير. كلية علوم الأغذية والزراعة، جامعة الملك سعود.
[4.] حسن، أ. ع. 1991. أساسيات تربية النبات. الدار العربية للنشر والتوزيع، القاهرة، مصر.
[5.] شرف الدين، عصام. 2003. تقدير درجة الإختلاف الوراثي قي سلالات القمح المحلية باستخدام تقنية التوابع الدقيقة (Microsatellites). مجلة العلوم الأساسية والتطبيقية. 12: 11 – 27.
[6.] Barua, U. M., K. J. Chalmers, C. A. Hackett, W. T. B. Thomas, W. Powell and R. Waugh,1993. Identification of RAPD markers linked to a phynchosporium secalis resistance locus in barley using near-isogenic lines bulked segregant analysis. Heredity, 71:177-184.
[7.] Choumane, W., H. Ghazal, S. Ashtar and M. Baum, 2001. Genetic diversity in the Syrian barley by using random amplified polymorphic DNA (RAPD) markers. Res. Cent. Coll. Of Agri., King Saud Univ Res. Bult., 99:5-33.
[8.] Hou, Y., Z. H. Yan, Y. M. Wei and Y. L. Zheng, 2005. Genetic diversity in barley from west China based on RAPD and ISSR analysis. Barley Genetic Newsletter, 35:9-22.
[9.] Kanbar, A. and K. Kondo, 2011. Efficiency of ISSR and RAPD dominant markers in assessing genetic diversity among Japanese and Syrian cultivars of barley (Hordeum vulgare L.) Research Journal of Agriculture and Biological Sciences, 7(1):4-10.
[10.] Pujar, S., S. A. Tamhankar, V. S. Rao, V. S. Gupta, S. Naik and P. K. Ranjekar, 1999. Arbitrary primed-PCR based diversity assessment reflects hierarchical groupings of Indian tetraploid wheat genotypes. Theor. Appl. Genet., 99:886 –876.
[11.] Rogers, S. U., J. A. Bendich, 1988. Extraction of DNA from plant tissue. Plant Mol. Biol. Manual, 6: 1-10.
[12.] Selbach, A. and S. Cavalli, 2000. RAPD characterization of Brazilian barley (Hordeum vulgare ssp.vulgare) varieties. Euphytica, 111:127-135.
[13.] Williams, J. G., A. R. Kubelik, K. J. Livak, J. A. Rafalski and S. V. Tingey, 1990. DNA polymorphisms amplified by arbitrary primers are useful as genetic markers. Nucleic Acids Res., 18 (22):6531-6535.
